Verdauungsstörungen in Folge eines Mangels an Enzymen, Coenzymen, Mikronährstoffen (vor allem Vitaminen), aber auch Dünndarmerkrankungen sowie eine unausgewogene Ernährung führen meist zu einem unvollständig Abbau von Kohlenhydraten und Proteinen im Darm. Die hierdurch bedingte Veränderung des pH-Wertes begünstigt das Wachstum und die Ausbreitung pathogener Mikroorganismen bis in die oberen Dünndarmabschnitte. Diese Keime wiederum verwandeln die im Überschuss anfallenden Metaboliten zu toxischen Abbauprodukten, den organischen Säuren, die über die Niere eliminiert werden.
Einige der im Urin nachgewiesenen Nebenprodukte des Stoffwechsels sind dabei Marker für den intestinalen Befall eines bestimmten pathogenen Keimes.
